La bibliothèque de l'IFEA créée en 1931 abrite divers fonds documentaires qui s’élèvent au début de l’année 2014 à environ 40 000 ouvrages dont 600 périodiques, puis en 2024 à 50 000 ouvrages et 700 périodiques. Ces fonds ont été constitués au fur et à mesure des acquisitions souhaitées par les directeurs et les chercheurs de l’Institut mais aussi grâce aux dons à l’instar de ceux de Jean-Pierre Thieck ou de Stéphane Yerasimos.
La bibliothèque possède une riche collection d’ouvrages consacrés à l’Archéologie en Asie Mineure mais aussi depuis les années 1970 à l’histoire de l’Empire ottoman et de la Turquie contemporaine. La bibliothèque comporte une importante collection d’ouvrages consacrés aux études byzantines, balkaniques ou encore à l’art et l’architecture turcs. Au début des années 1990, un certain nombre de volumes disséminés dans la bibliothèque ont été décotés et rassemblés sous une nouvelle cote 'AOC' (Observatoire d'Asie centrale). C'est à la même période que la bibliothèque met en place un système d'échanges avec différentes institutions et universités. Grâce à ses doubles et à ses propres publications, l'IFEA possède un instrument privilégié pour l'acquisition de nouveaux volumes. Les échanges de livres se font avec la Turquie mais aussi avec l'Europe, l'Afrique, les Etats-Unis, le Yemen et depuis le début des années 2010 avec la Chine et le Japon.
En 2014, l’IFEA lance une campagne de parrainage afin de préserver son patrimoine en tant qu'institution et de restaurer des documents anciens et précieux conservés à la bibliothèque.
En plus de la bibliothèque, l’IFEA abrite un autre fonds documentaire (numérique et papier) relié à l’Observatoire Urbain d’Istanbul.