Pôles
La recherche à l'IFEA se structure autour de pôles interdisciplinaires dans lesquels s'inscrivent les différents programmes menés par les chercheurs.
- Le pôle Archéologie, dont la coordination scientifique est assurée par Anaïs Lamesa
- Le pôle Histoire, dont la coordination scientifique est assurée par Denis Hermann
- Le pôle d'Études contemporaines dont la coordination scientifique est assurée par Yohanan Benhaim
Observatoires
Deux observatoires, dédiés aux problématiques contemporaines et agissant comme des lieux d'accueil et de ressources, sont rattachés au pôle correspondant : l'Observatoire Urbain d'Istanbul et l'Observatoire de la Vie Politique Turque.
L'observatoire du Caucase à Bakou était une antenne créée en 2003 dont les activités ont pris fin en août 2016.