Zeynep (Nayır) Ahunbay est diplômée de la Faculté d’Architecture de l’Université technique d’Istanbul en 1970. En 1971, dans cette même université, elle a travaillé comme assistante au département d’Histoire de l’architecture et s’est en particulier occupée du « cursus relevé ». Jusqu’en 1975, elle a préparé, sous la direction du professeur Doğan Kuban une thèse de doctorat intitulé « La place du Complexe de Sultan Ahmet et dans l’architecture ottomane (1609-1690)« . En 1977-78, dans le cadre d’un cursus d’études supérieures spécialisées dans les questions de protection du patrimoine à l’Université de York (Angleterre), elle a préparé une thèse intitulée l’Archéologie et la protection à Side.
Avec son époux, le professeur Metin Ahunbay, elle a dirigé les restaurations des fortifications maritimes d’Istanbul (1992-1994), de Sainte Sophie (1994-2000) et de Zeyrek Camii (2001-2004) et a ainsi participé à la protection du Patrimoine Mondial d’Istanbul.
Elle est aujourd’hui professeur à la faculté d’Architecture de l’Université technique d’Istanbul. Tarihi Çevre Koruma ve Restorasyon (Protection et restauration du patrimoine historique, 1995), la section sur Istanbul de l’ouvrage Dünya Mirasında Türkiye (La Turquie dans le Patrimoine mondial 2006), Cultural Heritage of Turkey (2009) ou encore İstanbul’da Kentsel Mimari (L’architecture urbaine à Istanbul, 2011) sont ses principales publications dans le domaine de la protection du patrimoine.