Fransız Anadolu Araştırmaları Enstitüsü'nde araştırmacılar tarafından yapılan farklı konulardaki araştırma programları 3 farklı disiplinlerarası araştırma alanı çevresinde eklenmlenmiştir.
- Bilimsel koordinasyonunu Olivier Henry'nin üstlendiği Arkeoloji Araştırma Alanları
- Bilimsel koordinasyonunu Işık Tamdoğan'ın üstlendiği Osmanlı ve Türk Tarihi Araştırma Alanları
- Bilimsel koordinasyonunu Élise Massicard'ın üstlendiği Güncel Çalışmalar Araştırma Alanları
Güncel çalışmalara adanmış iki gözlem merkezi vardır : İstanbul Gözlem Merkezi (OUI), Türk Siyaseti Gözlem Merkezi (OVIPOT)
Bakü'deki Kafkasya Gözlem Merkezi IFEA'ya bağlı bir şubedir ve bilimsel koordinasyonunu Gilles Authier sağlamaktadır.
