La recherche à l'IFEA se structure autour de trois pôles interdisciplinaires dans lesquels s'inscrivent les différents programmes menés par les chercheurs.
- Le pôle Archéologie, dont la coordination scientifique est assurée par Olivier Henry
- Le pôle d'Études d'Histoire ottomane et turque dont la coordination scientifique est assurée par Işık Tamdoğan
- Le pôle d'Études byzantines et seldjoukides valorisant la longue tradition française d'études byzantines
- Le pôle d'Études contemporaines dont la coordination scientifique est assurée par Élise Massicard
Deux observatoires, dédiés aux problématiques contemporaines et agissant comme des lieux d'accueil et de ressources, sont rattachés au pôle correspondant : l'Observatoire Urbain d'Istanbul et l'Observatoire de la Vie Politique Turque.
L'Observatoire du Caucase à Bakou est une antenne créée en 2003 dont la coordination scientifique est assurée par Gilles Authier
